프로바이오틱스는 식약처가 '장 건강에 도움을 줄 수 있음'으로 기능성을 인정하며, 2012년 메타분석에서도 위장관 질환 위험이 대조군보다 약 42% 낮은 것으로 나타났다. IBS 등 위장관 증상이 있는 사람에게는 특정 균주가 증상 완화에 도움이 될 수 있지만, 건강한 일반인이 장내 미생물 다양성을 높이려는 목적으로 먹는 경우 효과를 뒷받침하는 근거는 아직 얇다. 프로바이오틱스는 건강기능식품으로 질병의 치료나 완치에는 쓸 수 없으며, 면역 기능이 저하된 경우 섭취 전 전문가 상담이 권장된다.